十七世紀・江戸時代初期、日本が急速に鎖国へと向かうなか、平戸藩の通詞・本木継之進は、藩の密命により、商館で出会った自由思想家エンデンとともに、オランダに渡る。二年を超える過酷な船旅を経て、ようやく到着した継之進に、密計を命じた藩主病没の知らせが届く。
異国の地で生きることを決意した継之進は、ピーテルと名を変え、エンデンの助けで学資を蓄え大学に学び、オランダ東インド会社(VOC)に社員として職を得る。妻を娶り、生まれた最愛の一人娘・コルネリア。ピーテルは世間の慣習にとらわれず、コルネリアにラテン語と哲学を学ばせ、さらに、『倫理学』に心血を注ぐスピノザのもとへと赴かせた。

三十年戦争後のヨーロッパは古い秩序が崩壊し、宗教も政治も社会も新たな激動の中へと突入していく。
「どのような時代がこれから来ようとしているか、真正面に見すえるがよい。……そのような時代に、人間が真に幸福であるとはどのようなことか、宗教と国家の関係はどうあるべきか、哲学者の使命は――それを妥協なく洞察することにある」
一六七七年の末、スピノザの『倫理学』はついに出版されるが、ピーテル（継之進）には、為すべき事がまだ残されていた。